特利刹蒂大學（英语：Trisakti University）的學生與警察部隊發生衝突
1998年5月12日發生特利刹蒂慘案。在雅加達的特利刹蒂大學（英语：Trisakti University），4名學生無預警遭到狙擊手擊斃。當時大學校園已經聚集了數千名學生。他們要求蘇哈托下台，呼籲進行政治經濟改革。這4名學生是這場運動的參與者。學生的死激起了大眾的憤怒，也引發一連串搶劫縱火事件[1]。
在1998年5月13日暴亂的消息瀰漫在整個雅加達。此時蘇哈托總統正在埃及出席一個會議，軍方要員則到達東爪哇的瑪琅市參加一個典禮。在5月14日，一場嚴重的暴亂發生在雅加達地區，而此時沒有任何軍隊在街道上。
印尼華人是這場血腥暴亂的主要目標，而印尼軍方無視暴民們對華人的搶劫和對華人婦女的強姦（根據桑迪亞萬神父所言）。最後，超過1,000人死於這場暴亂中，大部分華人被燒死在商業區和超級市場，也有一部分被當場打死或遭到槍殺。一位政府官員稱總計毀損了2479間商業建築，1026間民房，1604間商店，384間私人辦公室，65間銀行，45間工廠，40間大型購物中心，13間市場和12間别墅。不過一般相信，印尼各地可能有更多華人所在的建築物被破壞。[來源請求]
雅加達人权与妇女研究组织经整理后的报告显示，5月发生的骚乱中，印尼各地总共发生5000多起暴徒强奸或轮奸华裔妇女的惨案，其中以雅加达每天发生的100多起最为严重。有目击者称，暴徒穿着军靴被军用卡车运送到华人区，他们高呼“宰了中国人，烧死他们，这些中国狗”，然后开始抢劫商店和市场，随后，他们开始把妇女集中起来进行集体轮奸，印尼警察到场之后，并没有阻止暴徒的行动。[16]
即便暴乱基本平息后，针对華裔的暴行仍然时有发生，就讀於大學二年級的19歲的華裔孤女愛玲，7月初被三名印尼暴徒強闖入屋內，企圖以掛窗簾的鋁枝插入其陰道內，幸而她極力抗敵，暴徒的暴行未能得逞，但最終其腰背及胃仍被鋁枝刺傷，尿道亦被弄穿，需重新接駁，復原遙遙無期。7月下旬，印尼华人尤其是女性仍然收到恐吓信，信中称“祝福”华人“余下的时日”，用旗杆插入“支那女人”的下体，以免“弄脏了”印尼男性的阴茎。7月24日，一名华裔女大学生從學校乘巴士回家途中，遭遇三名開吉普的暴徒強行拖落車下，在眾目睽睽下遭強暴。[16]
相較媒體和學界對成功男性華裔商人豐富且頻繁的描述，1998年5月被強暴的華裔女性受害者有的則是縈繞不去的沈默[11]。
棉蘭
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棉蘭的暴力事件在1998年5月4日爆發，比雅加達提早大約一週半，且持續了更久──連續5天維安部隊沒有介入。棉蘭的暴力事件和隨後在雅加達和印尼其他地方發生的暴力有著相似的模式，因此印尼政府的調查小組稱棉蘭暴動的模式為「樣板」。
棉蘭的華裔印尼人較多（佔當地人口12%），是當地的第三大族群。棉蘭華人也常常被認為「比較不融入」。學者帕爾迪（Jemma Purdey)認為棉蘭凸顯了華裔印尼人「用錢交換保護」的困境。棉蘭華人常常遭到政府官員、當地軍方、如「潘查希拉青年团」（Pemuda Pancasila）之類「青年團體」以及幫派成員，以提供「安全」或「保護」的名義索取錢財[10][13]。
梭羅
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中爪哇的梭羅的暴力事件和雅加達幾乎同時爆發，破壞力十分嚴重。學者帕爾迪（Jemma Purdey)發現梭羅當地人清楚地意識到印尼和全球媒體將雅加達暴動描繪成「排華」暴動。所以許多在梭羅的團體和梭羅人，包括當地的華人，設法將當地的暴力事件塑造成「非排華」事件。然而，他們對暴力事件的解釋卻隱藏了種族主義色彩。譬如，暴民洗劫商店的主要動機是「經濟因素而非仇恨華裔印尼人」的講法，迴避了梭羅人都知道的事實，那就是梭羅80%的商店經營者都是華裔印尼人。學者帕爾迪（Jemma Purdey)認為梭羅這種拒絕承認「排華暴力」的狀況，讓深植印尼體制化的種族問題無法浮上檯面[10][13]。