在逃亡十日之后，布斯被发现躲在维珍尼亚州一处位于华盛顿南70英里（大约110公里）的农场里。4月26日，在同联邦军交火后，布斯被波士顿·科贝特中士击毙。
在刺杀发生时，军医查尔斯·李尔也在剧院内，立刻开展急救。他发现林肯当时几乎已经没有任何反应、呼吸几乎停滞甚至无法察觉脉搏。在确定林肯是被射中头部而非原先设想的刺中肩部之后，他试图清理头部血块稳定伤情，之后林肯开始能够相对自然地呼吸。他被送过街安置到彼得森住所。在昏迷九小时之后，林肯于4月15日早间7时22分离世。在场的长老会牧师菲尼亚斯·丹斯摩尔·格利为他祷告，战争部长斯坦顿向他默哀并致敬，并说道：“现在，他属于千秋万世。”
随后林肯被国旗所包裹的遗体在雨中由联邦军官护送至白宫，全城教堂钟声响起。在林肯逝世不到三小时之后，早上10时，詹森宣誓就职。林肯的遗体于4月19日至4月21日先是置于东厅，然后陈列在大厅。之后他和早先病逝的儿子威利的棺材装在丧葬列车的车厢内；接下来三周，以黑色旗帜装饰的“林肯特别号”列车运载著林肯的遗体缓慢迂回地由华盛顿驶向春田市，在北方许多城市停留，成千上万人参加追悼，而许多人则在铁轨边奏乐、点篝火以及唱圣歌，或沉默而充满敬畏地脱帽目送火车驶过。
此件刺杀案发生在北弗吉尼亚军团的领导者罗伯特·李发出对波多马克军团投降命令后的第五天，林肯是第一个被刺杀成功的美国总统。尽管在此次刺杀30年前（1835年）曾有对安德鲁·杰克逊不成功的刺杀。此次刺杀只是作为庞大的计划的一小部分；事发当时，时任美国国务卿威廉·H·苏厄德和美国副总统安德鲁·约翰逊同样遭遇企图刺杀的情况但均未成功（刺杀人分别为路易斯·鲍威尔（英语：Lewis Powell (conspirator)）和乔治·亚瑟特（英语：George Atzerodt）），通过对美国政治上地位最高的三个人的刺杀行动，布斯和他的南方同谋希望借此切断美国政府的联系性以挽回在南北战争中的败局。